보관하던 양파를 꺼냈을 때 검은 반점이 생긴 경우가 종종 있다. 이는 곰팡이일 수 있어 섭취 시 주의해야 한다.

양파 겉면에 흑연 가루가 묻은 듯 검은 반점이 생기는 대표적 원인은 세균 감염이다. 아스페르길루스 니거라는 곰팡이가 주로 양파 세균 감염을 유발해 검은 반점을 만든다. 이 곰팡이는 오크라톡신이라는 독성 물질을 생성하는데 이는 위장 장애, 구토, 설사 등을 유발할 수 있다. 경상국립대학교 농업생명과학연구원의 연구에 따르면 슈도모나스 오리지하비탄스라는 세균이 양파의 검은 반점을 유발할 수 있다. 이 세균이 양파 조직을 감염시키면 검게 변하고 부패를 일으킨다. 이 외에도 노균병, 잎마름병 등 질병도 검은 반점의 원인이 될 수 있다. 이런 곰팡이, 질병은 습도가 높고 비가 오는 환경에서 수확된 양파에서 생길 가능성이 높다. 양파 수확 시 충분히 건조하고 문제없이 유통됐더라도 가정에서 습도 높은 곳, 통풍이 부족한 곳에 보관하면 생길 수 있다. 미국 농부부의 지침에 따르면 양파 껍질에만 작게 반점이 있고 속은 깨끗하고 단단하다면 껍질을 제거한 후 조리해 섭취할 수 있다. 그러나 반점이 크며 속까지 퍼진 양파는 섭취하면 안 된다. 또 겉에 반점이 작더라도 양파가 무르거나 가루처럼 검은 포자가 묻어나면 버려야 한다. 만약 여러 개의 양파 중 일부에 검은 반점이 생겼다면 바로 버리고 나머지 양파는 최대한 빨리 조리해 섭취하는 게 좋다. 검은 반점을 예방하려면 가정에서 양파 보관 시 종이봉투, 망, 바구니 등을 사용해 공기가 통하는 곳에 보관하는 게 좋다. 종이봉투나 망에 넣어 냉장고 야채칸에 넣는 것도 방법이다. 랩이나 비닐봉지로 양파를 감싸면 공기가 통하지 않아 더 쉽게 곰팡이가 생길 수 있다.